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郑玄在经学界泰斗地位的确立，源自于本朝今、古文经学两派之间的第三次大争论。

十几年前，孝灵皇帝朝时，本朝的今、古文经学两派曾发生了一场声势浩大的争论，这是两百年来，今、古文经学两派之间的第三次大争论，起因是因为一本书。

本朝著名的今文经学大师何休先生用十七年时间写成了《公羊春秋解诂》一书，对《公羊》一书的内容多所发明。从他的《公羊墨守》、《左氏膏盲》、《谷梁废疾》三文中可见，他认为《春秋》三传中只有《公羊》义理深远，象墨子的城防一样无懈可击，而《左氏》与《谷梁》二传则存在严重的缺点，根本不值得研究。

郑玄乃针对他的观点，著《发墨守》、《针膏肓》、《起废疾》以驳斥之。他认为三传各有其优缺点，《公羊》并非十全十美。

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本朝今、古文经学两派的争论焦点其实都在《春秋》三传上，而三传之间的门户之争又都集中在《左氏》是否得圣人真意而“传《春秋》”这一问题上。

《左氏春秋》本是一部内容宏富的史著，与经学没什么关系。刘歆校秘书典的时候初次见到，他认为此书流传不广，必须借经学而大力推行，所以奏请天子，要求立官置博士，以《左氏》依傍今文家的思维窠臼取媚人主。

当时的今文经学博士们实际上并不了解《左氏》，拒绝其进官学。虽然古文《左氏》最终未能被立为学官，但依靠其自身的学术价值，社会影响日益扩大，私学日盛。本朝前两次今、古文经学两派之间的范升、陈元之争，李育、贾逵之争，都是由《左氏》而生。

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何休对今文经学家李育在与贾逵的论争中未能占到上风感到非常遗憾，而时下《左氏》越来越兴旺，《公羊》已经退无可据，面对这样的窘境，何休打算以攻为守，于是著立《公羊春秋解诂》，打算重振今文经学在学术上的绝对地位。

郑玄奋起反击，作《发墨守》、《起废疾》、《箴膏肓》以反驳何休的论著。

争论旷日持久，争论的最后结果还是今文经学处于下风，今文经学再度遭到重击。

何休见到郑玄的驳论后，对郑玄很佩服，但他也颇为不平：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！”意思是说郑玄能从他的文章中找出矛盾，用他自相矛盾的说法来驳倒他的立论。

何休和郑玄两人之间的争论以郑玄的胜出而告终，古文经学的地位因此得到了巩固和提高。

由于郑玄对何休的批驳十分有力，使经师和学者们十分叹服。当时京师人称何休为“学海”，郑玄为“经神”，郑玄的声望远超何休，追随郑玄学习的弟子有数千人之多。

郑玄以古文经学为生，兼采今文经学之长，混糅今古文家法，融会为一，整百家之不齐而形成了自己独到的经学理论，他利用自己这套独特的理论，从“通学”的立场上对《春秋》三传作综合研究，最终解决了两派争论的焦点问题，消除了两派之间的门户之见，肯定了古文经学的学术地位，基本上结束了这场长达两百余年的今、古文经学的大争辩。